Bệnh viện Nhi đồng Thành Phố được khởi công xây dựng năm 2015 với kinh phí 4.500 tỷ đồng trên diện tích sàn xây dựng hơn 12.000 m², với 1.000 giường bệnh, gồm 1 tầng hầm và 8 tầng nổi. Bệnh viện có 10 phòng chức năng, 39 khoa lâm sàng và cận lâm sàng.
Tọa lạc tại huyện Bình Chánh, bệnh viện được đưa vào hoạt động từ tháng 1-2017, đến nay mỗi ngày Bệnh viện Nhi đồng Thành Phố tiếp nhận từ 1.200-1.300 lượt khám bệnh và khoảng 350-400 bệnh nhi điều trị nội trú. Từ khi đi vào hoạt động, Bệnh viện Nhi đồng Thành phố đã góp phần tích cực giảm tải cho các Bệnh viện Nhi đồng 1 và Bệnh viện Nhi đồng 2.